ディープシーケンシングによる細胞株の認証

現在使用している細胞株や生物学的モデルに、本当に満足されていますか？ 複数の研究によると、一般的な細胞株の1/5～1/3は、種内や種が異なる細胞、あるいはマイコプラズマやウイルスがコンタミしていると言われています。International Cell Line Authentication Committee (ICLAC) は、530以上(2021年6月現在)の細胞株において、認証されたストックが存在せず誤認されたまま使用されていると文書で説明をしています。

当社の ディープシーケンシングベース細胞株認証サービスの利用によって、モデルの信頼性と高品質データの再現性を確保します。この対象となるパネルは、細胞株、オルガノイド、異種移植モデルおよび患者組織を含む、マウスとヒトのサンプルを正確に特徴付けるために、600以上のSNPおよび染色体セグメントの解析を含んでいます。また、1,200以上のヒトがん細胞株と30のマウス細胞株など、最も一般的に使用されているがん研究モデルについて、当社独自のDNAフィンガープリントを作成しました。

従来のPCRベースのSTRアッセイは、ベンダーにもよりますが、9から24のSTRサイトのみがターゲットとされています。PCRによるSTRアッセイでは、固有の遺伝子マーカーを欠く特定の近交系動物系統に由来するマウス細胞株、あるいは同一のヒトドナーに由来する様々な腫瘍細胞の認証といった、遺伝学的に近い関係にある細胞間において、その制度が低くなる可能性があります。さらに、ミスマッチ修復(MMR)遺伝子に突然変異を有する生体サンプルでは、マイクロサテライト不安定性およびhypermutator (多くの遺伝子変異によりがん化などが誘導された状態)を示すことが知られています。その結果、想定外の遺伝的な変化、細胞のコンタミネーションの増大、およびSTRの誤分類をもたらす可能性があります。

ディープシーケンシングベースのQCパネルによって、3つのレベルでサンプル認証を実現します。

認証可能なヒトおよびマウス細胞株の一覧
NAR Genomics and Bioinformatics, Volume 2, Issue 3, September 2020, lqaa060 [KM1]